La Asociación se creó de hecho antes que de derecho y como un acto fundacional se considera el I Congreso Argentino Chileno de Estudios Históricos, realizado en noviembre de 1995 en la Universidad Nacional de Cuyo, Mendoza.

Allí se presentaron unas 50 ponencias provenientes de especialistas en variadas disciplinas que trabajan sobe cuestiones históricas (historiadores, estudiosos del pensamiento, de la literatura, arqueólogos, sociólogos, etc.) y de unas 20 universidades. Por cierto, participaron sin ponencia decenas de estudiantes universitarios y algo de público en general. Se tomó el acuerdo de realizar un segundo congreso y avanzar en la constitución de una organización más permanente.

Han presidido la Asociación: Carlos Mayo, Luis Carlos Parentini (1997-1999), Fernando García Molina (1999-2001), Eduardo Cavieres (2001-2003), Ana Fanchín (2003-2005), Roberto Paez (2005-2007), Pedro Navarro Floria (2007-2009), Luis Carlos Parentini (2009-2011) y María Andrea Nicoletti (2011-2013). Los actuales vicepresidentes son Jorge Pinto Rodríguez y Patrick Puigmal.